Các máy chủ cơ sở hạ tầng cung cấp các dịch vụ phi điện toán trong cụm bao gồm quyền truy cập của người dùng và quản trị. Thông thường, các máy chủ này có hai vai trò: nút quản lý và nút đăng nhập. Cấu hình chính xác và số lượng máy chủ cơ sở hạ tầng phụ thuộc vào kích thước và yêu cầu của cụm. Ví dụ: một nút quản lý duy nhất là đủ cho một cụm HPC nhỏ. Tuy nhiên, nếu một cụm có các yêu cầu về Tính khả dụng cao (HA), máy chủ thứ hai sẽ là cần thiết. Mặc dù không yêu cầu máy chủ đăng nhập, nhưng việc tách người dùng khỏi các hệ thống quản lý quan trọng giúp việc quản trị dễ dàng hơn và giảm thiểu thời gian ngừng hoạt động ngoài dự kiến. Ví dụ: một hệ thống điển hình có một máy chủ đăng nhập cho mỗi 30 đến 100 người dùng. Các nút cơ sở hạ tầng cũng có thể được sử dụng để cung cấp các dịch vụ bổ sung như NFS.

Cấu hình cơ sở cho các nút cơ sở hạ tầng là R6525 (AMD) và R650 (Intel). Mật độ không phải là vấn đề đáng lo ngại vì các nút cơ sở hạ tầng là một phần nhỏ của cụm tổng thể, do đó các hệ thống 1U hoặc 2U thông thường được sử dụng. Thông thường, các cụm có kiến ​​trúc nền tảng phù hợp với cơ sở hạ tầng của chúng và các máy chủ tính toán để dễ quản trị. Các nút đăng nhập đặc biệt được hưởng lợi từ việc có cùng kiến ​​trúc khi người dùng xây dựng ứng dụng của họ trên các nút đó.