Tin tức
Thiết kế được xác thực của Dell cho lĩnh vực chăm sóc sức khỏe và khoa học đời sống với Dell PowerEdge C6520 và XE8545 (4)
Tuyên bố từ chối trách nhiệm đối với điểm chuẩn
Kết quả điểm chuẩn phụ thuộc nhiều vào khối lượng công việc, yêu cầu ứng dụng cụ thể cũng như thiết kế và triển khai hệ thống. Hiệu suất hệ thống tương đối sẽ thay đổi do các yếu tố này và các yếu tố khác. Không nên sử dụng khối lượng công việc này để thay thế cho tiêu chuẩn ứng dụng cụ thể của khách hàng khi dự tính các quyết định đánh giá sản phẩm và lập kế hoạch năng lực quan trọng.
Tất cả các số liệu hiệu suất trong sách trắng này được thu thập trong một môi trường được kiểm soát chặt chẽ. Kết quả thu được trong các môi trường hoạt động khác có thể khác nhau. Dell Technologies không đảm bảo hoặc tuyên bố rằng người dùng có thể hoặc sẽ đạt được kết quả hoạt động tương tự.
Phương pháp luận
Để xác định cấu hình phần cứng và phần mềm được đề xuất có khả năng theo kịp sản lượng hàng ngày của thiết bị NGS mới nhất, ba trường hợp thử nghiệm đã được đánh giá. Đối với mỗi trường hợp, thời gian đồng hồ treo tường quan sát được ghi lại cho quy trình Gọi biến thể BWA-GATK Germline và quy trình phân tích Clara Parabricks bằng cách sử dụng các cấu hình tài nguyên, bố cục dữ liệu và dữ liệu mẫu khác nhau.
Dữ liệu cho thời gian chạy phân tích thứ cấp đo điểm chuẩn bao gồm ba bộ dữ liệu seq toàn bộ bộ gen người (WGS), ERR091571 , SRR3124837 và ERR194161 , đại diện cho phạm vi bao phủ mẫu 10X, 30X và 50X tương ứng. Các bộ dữ liệu này có sẵn tại Kho lưu trữ Nucleotide Châu Âu (ENA).
Đặc điểm của bộ xử lý Intel Xeon có thể mở rộng thế hệ thứ ba
Hiệu suất BWA với bộ xử lý Intel Xeon thế hệ thứ ba có thể mở rộng
Bộ căn chỉnh BWA với một tập dữ liệu nhỏ (20 triệu lượt đọc đầu cuối được ghép nối) đã được thử nghiệm với độ lệch CPU được liệt kê trongBảng 5. CPU có số lượng lõi trên 2,5 GHz trở lên hoạt động tốt với các ứng dụng trong Khoa học Đời sống.
Bảng 5. Các CPU Intel đã thử nghiệm
|
CPU |
Tần số cơ sở (GHz) |
Turbo tối đa (GHz) |
Tốc độ tối đa của Intel SpeedStep |
lõi |
TDP (W) |
|
6346 |
3.1 |
3.6 |
không áp dụng |
16 |
205 |
|
6342 |
2,8 |
3,5 |
không áp dụng |
24 |
230 |
|
8358 |
2.6 |
3.4 |
không áp dụng |
32 |
250 |
|
6336Y |
2.4 |
3.6 |
3.6 |
24 |
185 |
|
8325Y |
2.2 |
3.4 |
3.4 |
32 |
205 |
Hiệu suất BWA với các CPU Intel đã chọn
Như thể hiện trong Hình 3, một thời gian chạy mẫu đơn của BWA với số lượng lõi khác nhau được liệt kê. Nhìn chung, BWA chia tỷ lệ tuyến tính lên tới 20 lõi. Tuy nhiên, số lõi tối ưu để tối đa hóa thông lượng là 8 đến 12 lõi. Sử dụng nhiều lõi hơn con số này sẽ làm giảm hiệu quả sử dụng CPU. Mặc dù thời gian chạy vẫn giảm khi thêm nhiều lõi, hiệu suất đạt được là không đáng kể. Việc sử dụng CPU tốt hơn để xử lý nhiều mẫu với 8 đến 12 lõi và nó sẽ tăng thông lượng.
Hình 3. So sánh hiệu suất ổ cắm với ổ cắm với cài đặt ái lực
Một quan sát thú vị là 6336Y hoạt động cực kỳ tốt với 24 lõi, mặc dù nó có TDP (w) thấp nhất trong số các CPU được thử nghiệm. TRONG hinh 4, hiệu suất của bộ chỉnh BWA được so sánh khi các nhiệm vụ cốt lõi được kiểm soát chặt chẽ; do đó, hiệu suất từ lõi đến lõi có thể được so sánh. CPU 6336Y hoạt động tốt hơn với số lượng lõi thấp hơn. CPU này có thể là lựa chọn kinh tế nhất trong số các CPU có TDP (W) thấp hơn 185.
Hình 4. So sánh thời gian chạy BWA giữa các CPU Intel Ice Lake khác nhau
Bài viết mới cập nhật
Thuần hóa sự hỗn loạn của công nghệ: Giải pháp phục hồi sáng tạo của Dell
Sự cố CNTT nghiêm trọng ảnh hưởng đến 8,5 triệu hệ ...
Dell PowerScale và Marvel hợp tác để tạo ra quy trình làm việc truyền thông tối ưu
Hiện đang ở thế hệ thứ 9, giải pháp lưu trữ Dell ...
Bảo mật PowerScale OneFS SyncIQ
Trong thế giới sao chép dữ liệu, việc đảm bảo tính ...
Danh sách kiểm tra cơ sở bảo mật PowerScale
Là một biện pháp bảo mật tốt nhất, chúng tôi khuyến ...