Dell Technologies đã xác thực thiết kế cho bộ gen với NVIDIA Clara Parabricks trên Dell PowerEdge do AMD cung cấp (2)

Giải pháp xây dựng

Máy chủ cơ sở hạ tầng

  • Máy chủ cơ sở hạ tầng được sử dụng để quản trị hệ thống và cung cấp quyền truy cập cho người dùng. Chúng thường không liên quan đến tính toán nhưng cung cấp các dịch vụ quan trọng đối với toàn bộ hệ thống HPC. Các máy chủ này được sử dụng làm nút quản lý và nút đăng nhập. Đối với các cụm có kích thước nhỏ, một máy chủ vật lý duy nhất có thể cung cấp các chức năng quản lý hệ thống cần thiết.

    Máy chủ cơ sở hạ tầng cũng có thể được sử dụng để cung cấp dịch vụ lưu trữ bằng cách sử dụng NFS. Trong trường hợp này, chúng phải được cấu hình bằng ổ đĩa bổ sung hoặc mảng lưu trữ bên ngoài. Một máy chủ quản lý là bắt buộc đối với hệ thống HPC để triển khai và quản lý hệ thống. Nếu cần có chức năng quản lý tính sẵn sàng cao (HA), thì cần có hai máy chủ quản lý. Các nút đăng nhập là tùy chọn. Dell Technologies khuyến nghị một máy chủ đăng nhập cho mỗi 30 đến 100 người dùng.

    Cấu hình cơ sở cho các máy chủ Cơ sở hạ tầng mà Dell Technologies đề xuất là:

    Bảng 1. Cấu hình cơ sở máy chủ cơ sở hạ tầng

    chức năng máy

    Thành phần

    Nền tảng

    Máy chủ Dell PowerEdge R650

    bộ vi xử lý

    Bộ xử lý kép Intel Xeon Silver 4314

    Kỉ niệm

    256 GB RAM (DIMM 16 x 16 GB 3200 MT/giây)

    Bộ điều khiển lưu trữ

    Bộ điều khiển ĐỘT KÍCH PERC H345

    Đĩa – SSD

    Hai RAID 1 SSD SATA Sử dụng Hỗn hợp 480 GB

    Bộ điều khiển truy cập máy chủ từ xa

    Doanh nghiệp Dell iDRAC

    nguồn điện

    Hai bộ nguồn 750 W (PSU)

    Thẻ kết nối

    NVIDIA ConnectX-6 InfiniBand HCA (tùy chọn)

    Máy chủ PowerEdge R650 phù hợp với vai trò này. Các cụm HPC điển hình chỉ sử dụng một vài máy chủ cơ sở hạ tầng. Mật độ không phải là một ưu tiên, nhưng khả năng quản lý là quan trọng. Bộ xử lý Intel Xeon Silver 4314, với 16 lõi trên mỗi ổ cắm, là đề xuất cơ bản cho vai trò này. Bộ xử lý có khả năng cao hơn có thể phù hợp nếu máy chủ cơ sở hạ tầng được sử dụng cho các tác vụ sử dụng nhiều CPU, chẳng hạn như biên dịch phần mềm hoặc xử lý dữ liệu. 256 GB RAM được cung cấp bởi mười sáu DIMM 16 GB cung cấp đủ dung lượng bộ nhớ với chi phí tối thiểu trên mỗi GB, đồng thời cung cấp băng thông bộ nhớ tốt.

    Những máy chủ này dự kiến ​​sẽ không thực hiện I/O quan trọng, vì vậy, SSD SATA sử dụng hỗn hợp được định cấu hình với RAID 1 phải đủ cho hệ điều hành. Đối với các hệ thống nhỏ (bốn nút trở xuống), mạng Ethernet có thể cung cấp đủ hiệu suất ứng dụng. Đối với hầu hết các hệ thống khác, HDR InfiniBand có thể là kết nối dữ liệu được lựa chọn. Nó cung cấp kết cấu thông lượng cao, độ trễ thấp cho giao tiếp giữa các nút hoặc để truy cập các giải pháp Lưu trữ Thiết kế đã được Xác thực của Dell Technologies.

     

Máy chủ tính toán

  • Máy chủ điện toán cung cấp tài nguyên điện toán cho hệ thống HPC. Cấu hình tốt nhất cho máy chủ điện toán phụ thuộc vào các ứng dụng cụ thể đang được sử dụng và các yêu cầu về thời gian quay vòng.

    Cấu hình tốt nhất có thể khác nhau cho từng trường hợp sử dụng.ban 2cung cấp các tùy chọn mà Dell Technologies đề xuất là phù hợp cho các máy chủ này. Có thể chọn một cấu hình cụ thể để phù hợp với yêu cầu của khối lượng công việc và trường hợp sử dụng. Các tiêu chí liên quan cần xem xét trước khi chọn cấu hình máy chủ điện toán được thảo luận trongĐánh giá và phân tích hiệu suất.

    Bảng 2. Tính toán các tùy chọn cấu hình máy chủ

    chức năng máy

    Thành phần

    Nền tảng

    Dell PowerEdge XE8545 (4U)

    Dell PowerEdge R7525 (2U)

    Khung gầm (R7525)

    2U, hai CPU cộng với cấu hình thẻ GPU/FPGA/Full Length

    Cấu hình ống đứng 3, Nửa chiều dài, năm 16 khe cắm

    bộ vi xử lý

    Hai AMD EPYC 7543 thế hệ thứ ba

    Kỉ niệm

    512 GB (mười sáu DIMM 32 GB 3200 MT/giây)

    bộ xử lý đồ họa

    NVIDIA A100-SXM4-40 GB hoặc 80 GB (XE8545)

    NVIDIA A100-80 GB (R7525)

    Bộ điều khiển lưu trữ

    Bộ điều khiển ĐỘT KÍCH PERC H755

    Bộ điều khiển truy cập máy chủ từ xa

    Doanh nghiệp iDRAC

    nguồn điện

    Bốn PSU 2400 W (XE8545)

    Hai PSU 2400 W (R7525)

    Thẻ kết nối

    Bộ điều hợp NVIDIA ConnectX-6 HDR100 InfiniBand

     

Kho

  • Dell Technologies cung cấp một loạt các giải pháp lưu trữ HPC và mục đích chung. Để biết tổng quan chung về danh mục giải pháp HPC của Dell, hãy duyệt qua www.dellemc.com/hpc .

    Thường có ba tầng lưu trữ cho HPC, khác nhau về kích thước, hiệu suất và độ bền:

    • lưu trữ đầu
    • hoạt động lưu trữ
    • lưu trữ lưu trữ

    Lưu trữ đầu có xu hướng tồn tại trong quá trình phân tích dữ liệu đơn lẻ. Nó có thể được sử dụng để chứa dữ liệu tạm thời không thể nằm trong bộ nhớ chính của hệ thống máy tính do không đủ dung lượng bộ nhớ vật lý.

    Nếu quyền truy cập vào bộ lưu trữ cản trở tiến trình phân tích dữ liệu, các ứng dụng HPC có thể được coi là “I/O bị ràng buộc”. Đối với các khối lượng công việc HPC này, giải pháp tiết kiệm chi phí nhất thường là cung cấp đủ bộ nhớ cục bộ được gắn trực tiếp trên các nút điện toán. Đôi khi, ứng dụng có thể yêu cầu một hệ thống tệp được chia sẻ trên cụm máy tính. Hệ thống tệp được chia sẻ hiệu suất cao có thể phù hợp hơn là dựa vào bộ lưu trữ được gắn trực tiếp cục bộ.

    Thông thường, bộ lưu trữ cục bộ được gắn trực tiếp mang lại mức giá/hiệu suất tổng thể tốt nhất và được coi là phương pháp hay nhất cho hầu hết các phân tích dữ liệu giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS). Vì lý do này, Dell Technologies bao gồm bộ lưu trữ cục bộ trong các cấu hình được đề xuất, với hiệu suất và dung lượng phù hợp cho nhiều khối lượng công việc sản xuất.

    Lưu ý : Các yêu cầu về khối lượng công việc dự kiến ​​có thể vượt quá hiệu suất và dung lượng mà các cấu hình bộ nhớ cục bộ được đề xuất cung cấp. Hãy cẩn thận để kích thước lưu trữ đầu một cách thích hợp dựa trên khối lượng công việc.

    Đối với những khách hàng muốn có một hệ thống tệp song song hiệu suất cao được chia sẻ, giải pháp Thiết kế đã được Xác thực của Dell Technologies cho Bộ lưu trữ BeeGFS là phù hợp. Xem hình bên dưới. Giải pháp này có thể mở rộng quy mô lên tới nhiều petabyte dung lượng lưu trữ.

    Mô tả sơ đồ được tạo tự động

    Hình 1. Thiết kế đã được Dell Technologies xác thực cho Bộ lưu trữ BeeGFS

     

Mạng hệ thống

  • Hầu hết các hệ thống HPC được cấu hình với hai mạng—mạng quản trị và kết cấu chuyển mạch tốc độ cao, độ trễ thấp. Mạng quản trị thường là Gigabit Ethernet kết nối với Hệ thống quản lý tắt đèn (LOM) hoặc Thẻ mạng con (NDC) trên bo mạch của mọi máy chủ trong cụm. Mạng này được sử dụng để cung cấp, quản lý và quản trị. Trên máy chủ điện toán, mạng này cũng được sử dụng để quản lý Bộ điều khiển quản lý bo mạch chủ (BMC). Đối với cơ sở hạ tầng và máy chủ lưu trữ, các cổng iDRAC Enterprise có thể được kết nối với mạng này để quản lý máy chủ Ngoài băng tần (OOB). Mạng quản lý thường sử dụng bộ chuyển mạch Dell Networking S3048-ON Ethernet. Nếu có nhiều hơn một công tắc trong hệ thống, nhiều công tắc có thể được xếp chồng lên nhau bằng cáp Ethernet 10 Gigabit.

    Cấu trúc tốc độ cao, độ trễ thấp được khuyến nghị cho các cụm có nhiều hơn bốn máy chủ. Đề xuất hiện tại là kết cấu InfiniBand Dải động cao (HDR). Cấu trúc này thường được lắp ráp bằng cách sử dụng bộ chuyển mạch HDR InfiniBand 40 cổng NVIDIA QM8790. Số lượng công tắc được yêu cầu phụ thuộc vào kích thước của cụm và tỷ lệ chặn của vải.